Після 18-ти років завзятої праці сили залишали Франциска, він став практично сліпий. Франциск відвідав св. Клару в каплиці св. Дам'яна, де він написав "Гімн сонцю". Це було у вересні 1225 року. Узимку 1225-26 він проходив лікування в Сієні.

У квітні 1226 Франциск продиктував свій заповіт, який він характеризує як "нагадування, попередження й умовляння". Повернення з Ла Верни було виснажливим для Франциска. Подорож продовжувалася кілька тижнів, тому що Святий дуже ослабнув і часто повинен був зупинятися для відпочинку. У липні 1226 Франциска перенесли в палац єпископа в його ріднім місті. Ранньою осінню Франциск, почуваючи руку смерті на собі, просив, щоб його перенесли в Порціунколу.

Останні дні святого пройшли в маленькій хатині в Порціунколі, що служила йому лікарнею. Тоді ж прибула мадонна Якопа дей Сетте Солі з її двома синами і великим почтом, бажаючи попрощатися з Франциском. Це було заборонено, тому що жінкам заборонялося входити в чоловічий монастир. Але Франциск зробив виняток. Донна Якопа ді Сетте Солі піклувалася про нього під час хвороби і Франциск любив називати її "братом Якопою". Напередодні смерті, наслідуючи свого Учителя - Ісуса, він розділив хліб між Бернардом ді Квінтаваллє, його першим послідовником, Іллею, своїм вікарієм (заступником), й іншими братами. І сказав: "Я зробив свою справу". А потім додав: "Нехай Христос навчить вас робити вашу справу". Франциск попросив, щоб його принесли в капличку Санта Марія деллі Анджелі. Брати поклали його на носилки і рушили до Порціунколі. Прийшовши на місце, Франциск попросив роздягнути його, щоб піти зі світу нагим, таким же, яким він прийшов у нього. Брати поклали його на землю, а потім святий почав співати псалом. Закінчивши останній куплет і вислухавши Євангеліє, Франциск залишив цей світ. Це було в суботу 3 жовтня 1226 року. Франциску було тоді 45 років.

4 жовтня його тіло в урочистій процесії було принесено в церкву св.Георгія. Франциск був причислений до лику святих у церкві св.Георгія папою Григорієм ІX дня 16 липня 1228 року. У той день Римським єпископом був закладений перший камінь базиліки св. Франциска, і туди 25 травня 1230 року брат Ілля таємно перемістив труну Франциска і поховав під головним вівтарем, у нижній (зараз середній) церкві. Протягом шістьох сторіч ніхто не знав, де знаходяться останки святого. Труна була знайдена 12 грудня 1818 року в результаті важких пошуків, що тривали 52 ночі. З тих пір цей день шанується в Ордені, а одержання стигматів на тілі святкується 17 вересня.

Святий завжди ішов за прикладом Христа. Босоніж, в абсолютній бідності, він оголосив панування любові. Це наслідування бідності Христа було відмітною рисою покликання Франциска. Святий завжди говорив, що Євангеліє знайшло нове життя і викликало нову любов. Цілий світ для Франциска був сходами, піднімаючи по сходинках якої він наближався до споглядання самого Бога.

Любов Франциска до всього живого не була ознакою його сентиментальності - вона виникла з глибокого смислу присутності Бога, смислу, що був в основі всього того, що Франциск говорив і робив. Він знаходив у всіх створених речах відображення Божественної досконалості, і він любив захоплюватися в них красою, силою, мудрістю і точністю їхнього Творця. Франциск думав, що якщо усі від одного Батька, то усі - справжня родина.

Таємниця Святої Євхаристії займала головне місце в житті Франциска; він не мав нічого більшого в серці, чим те, що стосувалося культу Святого Причастя. Розпалювати любов до Бога і повертати до Життя дух в серцях людей - такою була його місія. Крім того, і його власний францисканский дух та життя стали міцним джерелом натхнення для інших.

Автентичність письмових матеріалів і їхній достаток, що стосується життя Франциска, не залишають сумнівів. Є особисті листи святого, котрі вдихають невимушену любов до Євангелія і пропонують практичну етику. У доповненні до листів святого існують біографічні оповідання багатьох авторів: Фома Челанский, один з послідовників Франциска; св. Бонавентура, що написав дві біографії. Крім того існує розповідь під назвою "Дзеркало Досконалості", що прописується братові Леонові. Є також важливі хроніки Ордену з тринадцятого століття, написані Экклестоном і Бернардом, і чимало більш пізніх робіт, написаних після смерті та причислення Франциска до лику святих. Саме на цих роботах засновані пізніші біографії святого Франциска.