Число членів Ордену зростало, для підтримки ідеалу бідності та кращої організації спільного життя були потрібні зміни в Ордені. З цією метою в 1221 року в Порціунколі був скликаний капітул, що ввійшов в історію як Собор (Капітул) Рогіжок, тому що брати, розділені на групи по провінціях, з яких вони прийшли, розташувалися під навісами з плетеної соломи. Їх було понад 5000 чоловік, крім 500 кандидатів на вступ в Орден. Із сусідніх селищ люди різних станів і занять сходилися подивитися на такі збори святих. Кардинал-диякон, виражаючи спільне враження, сказав: "Воістину, на цьому полі розташувалося військо Божих лицарів".

У 1221 Франциск склав новий Устав для Менших Братів. Але воно було втрачено, тому Франциск, повернувшись у Фонте Коломбо, переписав Устав. У цій формі Устав було схвалено Папою Римським Гонорієм ІІІ 29 листопаду 1223 року.

На початку серпня 1224 року Франциск із трьома братами відправився на гору Ла Верну, на сорокоденну підготовку до свята архангела Михаїла, якого дуже шанував. Поринувши в молитву він просив: "Господи Ісусе, дві благодаті Твоїх пішли мені, молю, перш ніж я вмру: перша благодать - щоб при житті я випробував у душі моїй і плоті, наскільки це можливо, те страждання, яке Ти, солодкий Ісусе, прийняв у годину найгіркіших Твоїх Страстей. Друга ж благодать - щоб я, наскільки можливо це, відчув у моєму серці ту любов, що перевершує всяку міру, що Тебе, Син Божий, спонукала прийняти таку муку заради нас, грішних". І з'явився йому шестикрилий блискучий Серафим і околишні жителі бачили, як уся гора зайнялась яскравим полум'ям. Візія продовжувалася довго, потім зникла. Святий відчув невимовний біль, пронизуючий все тіло. Після зникнення Серафима виявилося, що у Франциска з'явилися криваві рані на долонях, ступнях і в боці. Такі ж рани мав розп'ятий Христос. У такий спосіб Бог вислухав моління святого.

Першою людиною, котра побачила, що відбулося з Франциском, був брат Леон. Він допоміг йому опритомніти після захвату від побаченого, обв'язав полотниною рани, витер кров, що рясно текла з рани в боці; з цього часу Леон став доглядати за святим. Франциск дуже любив брата Леона, обрав його своїм сповідником і ніжно називав його "овечкою Божою". Знаючи, що його мучать спокуси, одного разу він покликав його і сказав: "Брате овечко Божа, прошу тебе, принеси мені шматок пергаменту, тому що своїм благословенням хочу нагородити тебе за добро, що зробив мені". І власною рукою, позначеною стигматами, написав наступні слова:

Нехай Господь благословить тебе і збереже тебе,
нехай покаже Своє обличчя тобі і помилує тебе,
нехай оберне до тебе Своє обличчя і дасть тобі мир.
Так благослови тебе Господь, брате Леоне."

Потім накреслив знак Тау - символ спасіння та вибраності.